En el campo de la ciencia y tecnología de los alimentos en el CEBAS-CSIC la actividad está orientada hacia el estudio de alimentos de origen vegetal clave en la industria agroalimentaria regional. Esta investigación se estructura en torno a dos pilares fundamentales:

- Bioactividad de alimentos de origen vegetal.
- Calidad y seguridad de frutas y hortalizas.

Con respecto a la bioactividad de los alimentos de origen vegetal se investiga sobre la relación entre los constituyentes de los mismos y el mantenimiento de la salud humana. Para ello se evalúa la actividad biológica de los constituyentes de alimentos y su potencial utilización en el desarrollo de alimentos funcionales y nutracéuticos. Además, se estudian nuevos sistemas de cultivo encaminados a incrementar su contenido en compuestos bioactivos (saludables).

Con respecto a la calidad y seguridad de frutas y verduras se estudian los riesgos de contaminación microbiológica durante la producción, procesado y conservación así como el efecto que tienen diferentes factores agronómicos y genéticos en sus constituyentes para generar alimentos sanos y seguros. Así se desarrollan tecnologías y procedimientos para garantizar la calidad y la seguridad de alimentos atractivos y convenientes para el consumidor. Además, se apoya al sector productivo con el conocimiento científico-tecnológico necesario para la producción de estos alimentos.